La Estación de ferrocarril de Alcalá de Henares es la más importante de las tres que tiene la ciudad complutense, situada en las proximidades del centro histórico. En ella prestan servicios las líneas de Cercanías Madrid C-2 y C-7 (que tiene su cabecera en la misma) y servicios de media distancia, a Sigüenza, Arcos de Jalón, Soria, Zaragoza y Lleida.
Actualmente está pendiente una reforma integral de la misma, debido a la antigüedad de las instalaciones, careciendo de ascensores y escaleras mecánicas.